农村一户两宅只有一个不动产证是否有影响，需要结合具体情况来看。以下为您详细分析不同情形下的影响：
农村一户两宅只有一个不动产证可能存在影响，也可能合法。

1. 如果或若存在合法继承或分户等法定例外情况：根据“一户一宅”原则的例外规定，通过合法继承获得第二处宅基地，或者因分户等原因经批准新获得宅基地，即使只有一个不动产证，该两处宅基地也可能均为合法拥有，此时影响较小，但需确保相关证明文件齐全。
2. 如果或若存在未经批准私自拥有两处宅基地：即不符合“一户一宅”原则且无合法例外情形，那么未取得不动产证的那处宅基地可能被认定为违规，存在被集体经济组织收回或面临处罚的风险。
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农村一户两宅只有一个不动产证的情况，其合法性及影响可依据相关法律规定进行分析。
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条明确规定：“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。” 此条确立了“一户一宅”的基本原则。对于农村一户两宅只有一个不动产证的情况，如果该两宅中有一处是通过合法继承而来，或者是因分户等法定程序经批准后取得，那么这种情况并不违反“一户一宅”原则，即使只有一个不动产证，另一处宅基地的使用权在特定条件下也可能受到法律保护。但如果是未经批准私自占用两处宅基地，那么未办证的那一处显然违反了该法律规定，其合法性将不被认可，可能面临被收回的风险。因此，判断是否有影响的核心在于两宅的取得方式是否符合该法律条款的规定。
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农村一户两宅只有一个不动产证的处理，还可能受到一些特殊情况或例外情形的影响，这些情形会对问题的处理结果产生不同的作用：
1. 合法继承的情形：如果未取得不动产证的那处宅基地是通过合法继承获得的，那么根据相关法律规定，这种情况是“一户一宅”原则的例外，是合法的。此时，虽然只有一个不动产证，但继承人对继承所得的宅基地仍享有合法的使用权。这种情形下，问题的处理重点在于完善继承相关的证明手续，而非单纯纠结于不动产证的数量，一般不会面临宅基地被收回的风险。
2. 地方政府的特殊政策：部分地区可能由于历史原因、地域特点等因素，出台了关于宅基地管理的特殊政策。例如，在一些人均土地面积较少、宅基地资源紧张的地区，地方政府可能对“一户一宅”原则有更严格的执行标准；而在另一些地区，对于历史遗留的一户多宅问题，可能会有特定的处理办法，如通过缴纳一定费用等方式使其合法化。这些地方特殊政策会直接影响对一户两宅只有一个不动产证情况的处理方式和结果。
3. 分户后未及时办理登记的情形：如果家庭成员已经通过合法程序进行了分户，分户后的新户符合申请宅基地的条件并实际获得了一处宅基地，但未及时办理不动产证。这种情况下，虽然目前表现为一户两宅只有一个不动产证，但只要分户合法有效，新户可以凭分户证明等材料向登记机关申请办理新的不动产证，从而使两宅都获得合法登记。这种情形下，处理的关键在于及时完成分户后的宅基地登记手续。

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