公司设定绩效考核扣工资是否合法，需结合具体情况判断。若劳动合同明确约定绩效工资的发放条件和标准，且标准合理、公开透明，公司依约考核扣减绩效工资，不违反其他法律规定的，通常合法。但如果考核标准不明确或未协商一致，公司单方面制定、变更标准并扣工资，则可能不合法。因为劳动报酬应在合同中明确约定，变更需双方协商。此外，若扣除绩效工资后月工资低于当地最低工资标准，无论考核制度如何，该行为均不合法，法律明确禁止低于最低工资标准发放工资。
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公司设定绩效考核扣工资，可能面临以下法律风险：
1、考核标准不明确。若劳动合同未明确绩效工资发放标准和扣减条件，或考核制度制定程序不合法（如未民主程序、未公示），公司扣减绩效工资时，劳动者可能以“无故克扣工资”申请仲裁或诉讼，公司或需补发工资、支付赔偿金。例如某公司仅口头告知标准，无书面文件，年底以“未达口头标准”扣大量绩效工资，员工仲裁后公司因无法提供合法标准败诉，需补发工资。
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面对公司绩效考核扣工资，需避免以下错误操作：
1、忽视证据收集。部分劳动者发现被扣工资后，未及时收集劳动合同、工资条、考核记录等证据，维权时因证据不足难以有效维护权益。
2、冲动辞职或过激行为。遇到问题后冲动辞职或与公司冲突，可能无法解决问题，还可能影响后续就业或承担责任。
3、超过维权时效。劳动争议仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害时起算。未在时效内申请仲裁，可能丧失胜诉权，无法追回工资。若对处理方式有疑问或不知如何维权，欢迎咨询我，为您提供专业解答和法律帮助。
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公司绩效考核扣工资还存在特殊情况或例外情形，影响处理结果：
1、双方协商一致。若劳动合同明确约定，且劳动者书面同意特定情况下公司可依考核结果扣减一定比例绩效工资，且约定不违反法律、行政法规强制性规定，此时扣工资可能合法，影响合法性判断。
2、员工造成经济损失。若员工因自身过错给公司造成损失，公司可按合同约定要求赔偿，赔偿金额可从工资中扣除，但每月扣除不超过当月工资20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。此情况扣工资基于过错赔偿，非单纯绩效考核，属于例外情形，影响扣工资性质和处理方式。

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